DEBATTISTA, A.P., FARRUGIA, J. and SCERRI, H., 2020. Non Laborat Qui Amat.
FARRUGIA, J., 2020. Augustine on St Crispina. Comparing Augustine's Image of the Saint with Her Acta. Maltese Augustinian Province, pp. 135-144.
FARRUGIA, J., 2019. Eternity Divided: Gregory of Nyssa's division of "time" after death in his homilies. Institutum Patristicum Augustinianum, pp. 601-607.
FARRUGIA, J., 2019. Il-Forom ta' Kitbiet Martirjali fl-Ewwel Sekli. Programm tal-festa ta' Santa Venera, (2019), pp. 12-13.
FARRUGIA, J., 2019. Introduzzjoni għad-Dutturi tal-Knisja. Knisja 2000, 129(-), pp. 3-12.
FARRUGIA, J., 2019. Kitbiet mill-Ewwel Sekli Nsara dwar l-Assunzjoni ta’ Marija. Ir-rakkont tas-"Sitt Kotba". Programm tal-Festa ta' Santa Marija, (2019), pp. 161-162.
FARRUGIA, J., 2019. Senglea’s Holy Redeemer and the other Misteri: a historical reappraisal from new documentary sources. Jonathan Farrugia, pp. 39-94.
FARRUGIA, J., 2018. Gregory of Nyssa’s Teaching on Sin in the Homilies on the Beatitudes. Augustinianum, 58(1), pp. 87-102.
FARRUGIA, J., 2018. Il-Madonna fil-Ħsieb Bikri tal-Knisja. Knisja 2000, 125(-), pp. 61-70.
FARRUGIA, J., 2018. Il-Madonna fil-kitbiet ta' San Efrem ta' Nisibi (II). Leħen is-Santwarju, .
FARRUGIA, J., 2018. Il-verżjoni bil-Malti tal-"Acta Andreae" II. Annwal tas-Socjetà Filarmonika l-Unjoni, .
FARRUGIA, J., 2018. Introduzzjoni għall-Missirijiet tal-Knisja. Knisja 2000, 125(-), pp. 3-18.
FARRUGIA, J., 2018. Ir-Rikorsi marbuta mal-Bini tal-Faċċata l-Ġdida tal-Knisja tal-Gudja: 1901-1908. Kunsill Lokali tal-Gudja, pp. 29-39.
FARRUGIA, J., 2018. Kitbiet mill-Ewwel Sekli Nsara dwar l-Assunzjoni ta’ Marija. It-"Transitus Mariae". Programm tal-Festa ta' Santa Marija, (2018), pp. 164-167.
FARRUGIA, J., 2017. Il-verżjoni bil-Malti tal-"Acta Andreae" I. Annwal tas-Soċjetà Filarmonika l-Unjoni, .
FARRUGIA, J., 2017. Il-verżjoni bil-Malti tal-"Acta Petri et Simeoni". Annwal tal-Parroċċa San Pietru fil-Ktajjen, .
FARRUGIA, J., 2017. Kristu mudell tal-umli fil-ħsieb ta’ Santu Wistin. Mejda tal-Appostli skont ir-Rit Lhudi, (2017), pp. 77-79.
FARRUGIA, J., 2017. L-Imqabba: 9 ta' April 1942. Tifkiriet, storja u dokumenti. Parroċċa Santa Marija, l-Imqabba.
FARRUGIA (ED.), J., SCERRI, H., DELICATA, N. and SULTANA, M., 2016. Ir-Randan mal-Missirijiet tal-Knisja. Ħsibijiet fuq il-ħniena. Soċjetà Patristika Maltija.
FARRUGIA, J., 2016. Hamartia in the homilies of Gregory of Nyssa. Institutum Patristicum Augustinianum.
FARRUGIA, J., 2016. Il-"Kummentarju tal-Passjoni skont San Luqa" ta’ San Ambroġ – Għodda ta’ Isqof Kattoliku Kontra l-Ereżija Arjana. Mejda tal-Appostli skont ir-Rit Lhudi, (2016), pp. 73-77.
FARRUGIA, J., 2016. Il-Madonna fil-kitbiet ta' San Efrem ta' Nisibi (I). Leħen is-Santwarju, .
FARRUGIA, J., 2015. L-oriġni tal-kitba fuq il-qaddisin IV. Annwal tal-knisja ta' Lapsi, .
FARRUGIA, J., 2014. L-oriġni tal-kitba fuq il-qaddisin III. Annwal tal-knisja ta' Lapsi, .
FARRUGIA, J., 2013. Il-kitba nisranija qabel u wara s-sena 313. Annwal tal-Kolleġġjata Bażilika ta' Sant'Elena.
FARRUGIA, J., 2013. Il-Konċilju ta' Niċea u l-Kriżi Arjana tas-Seklu IV. It-tielet parti: Is-Simbolu Niċen. Programm tal-Festa ta' San Nikola, (2013), pp. 95-101.
FARRUGIA, J., 2013. L-oriġni tal-kitba fuq il-qaddisn II. Annwal tal-knisja ta' Lapsi, .
FARRUGIA, J., 2012. Il-Konċilju ta' Niċea u l-Kriżi Arjana tas-Seklu IV. It-tieni parti: Il-Pożizzjonijiet Duttrinali fil-Konċilju. Programm tal-Festa ta' San Nikola, (2012), pp. 97-109.
FARRUGIA, J., 2012. L-oriġni tal-kitba fuq il-qaddisin I. Annwal tal-knisja ta' Lapsi, .
FARRUGIA (ED.), J., LIA, C. and ZAMMIT, K., 2011. Il-vara titulari ta' Santa Marija tal-Imqabba. Dokumenti u storja. Parroċċa Santa Marija, l-Imqabba.
FARRUGIA, J., 2011. Il-Konċilju ta' Niċea u l-Kriżi Arjana tas-Seklu IV. L-ewwel parti. Programm tal-Festa ta' San Nikola, (2011), pp. 105-117.
FARRUGIA, J., 2011. Le origini della festa di Natale. La Marca Francescana, .
FARRUGIA, J., 2009. Qoheleth. A contemporary reading. University of Malta.
FARRUGIA, J., 2000. Il romanzo cavalleresco. Lo sviluppo, i temi, le tecniche narrative. University of Malta.